Nos últimos quatro anos de atividade acadêmica Avinoam Danin dedicou-se à investigação interdisciplinar envolvendo a identificação de plantas vasculares, micro-organismos, e outros organismos e sua relação com o ambiente. O resultado de suas investig ações com plantas vasculares e seus ambientes é visto refletido na publicação de 6 livros e 190 artigos em inglês, 5 livros e 251 artigos em hebreu, um livro bilíngue hebreu-inglês e outro em italiano. Ele descobriu muitas espécies novas de plantas e m Israel, Sinai e Jordânia. Por sua vez descobriu mais de 40 classificações novas na ciência, representando distintas famílias. O mapeamento da distribuição da vegetação de Israel em quadrados de 5 x 5 km, lhe permitiu criar uma base de dados de onde a Flora de Israel foi estudada e novos mapas fito-geográficos foram desenhados. Os mesmos foram utilizados em várias investigações forenses. A mais importante e recente faz referência à origem do Santo Sudário de Turim na vizinhança de Jerusalém.